学术报告
发布时间:2017-10-30     访问次数:

报告题目:Advancing Computer-Aided Drug Design with Novel Molecular Dynamics Methods

报 告 人:Jana Shen (博士)

报告时间:2017年11月1日,星期三,早上10:00 – 11:00

报告地点:陆大楼506会议室

报告内容:Jana Shen博士将介绍实验室采用最新发展的分子动力学方法研究生物大分子的微观机制及计算机辅助药物设计。人体内许多蛋白质是人类重大疾病的关键因子,是药物研发的分子靶标。实验科学家通过X晶体衍射,核磁共振以及冷冻电镜等实验手段获得了蛋白质的三维结构。Jana Shen博士和其他理论科学家的工作是通过建立生物物理模型研究蛋白质结构和功能的关系。例如,通过计算小分子抑制剂与靶向分子的结合自由能或亲和性,评估该小分子抑制剂的活性以及研究分子作用机制。Jana Shen博士实验室的特色是研究溶液酸碱性对生物大分子功能的影响。她将和大家分享他们最近关于人体β分泌酶BACE1抑制剂设计的研究进展。BACE1是最近才发现的阿尔茨海默症(又名老年痴呆症)的分子靶标。Jana Shen博士实验室的研究发现对于阿尔茨海默病药物开发具有重要的指导意义。

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参考文献:

[1] Christopher R. Ellis, and Jana Shen*, pH-dependent population shift regulates BACE1 activity and inhibition. J Am Chem Soc, 2015, 137, 9543-9546.

[2] Brian H. Morrow, Gregory F. Payne, and Jana Shen*, Stimuli-responsive self-assembly of polysaccharide through a rugged energy landscape. J Am Chem Soc , 2015, 137, 13024-13030.

[3] Yandong Huang, Wei Chen, David L. Dotson, Oliver Beckstein, and Jana Shen*, Mechanism of pH-dependent activation of the sodium-proton antiporter NhaA. Nature Commun, 2016, 7, 12940.

[4] Robert C. Harris, Cheng-Chieh Tsai, Christopher R. Ellis, and Jana Shen*, Proton-coupled conformational allostery modulates the inhibitor selectivity for β-secretase. J Phys Chem Lett, 2017, 8, 4832-4837.

[5]. Christopher R. Ellis, Cheng-Chieh Tsai, Xinjun Hou and Jana Shen*,Constant pH molecular dynamics reveals pH-modulated binding of two small-molecule BACE1 inhibitors. J Phys Chem Lett 7: 944-949, 2016

[6]. Cheng-Chieh Tsai, Brian H. Morrow, Wei Chen, Gregory F. Payne, and Jana Shen*, Towards understanding environmental control of hydrogel film: how salt modulates the flexibility of chitosan chains. Macromolecules, 2017, 50, 5946-5952.

    报告人简介:Jana Shen博士于2003年12月获得美国明尼苏达大学化学系物理化学专业的博士学位。2003-2007年在美国著名的斯科利普斯研究所从事博士后研究工作,期间发展了恒定pH分子动力学方法。2007-2012年任奥克拉荷马大学助理教授。2012年至今是美国马里兰大学药学系和Fischell生物工程系副教授(终身教职),并担任马里兰大学计算机辅助药物设计中心(CADD)联合主任。2015年-至今,Shen博士担任美国化学会年会计算化学分会的的召集人。Jana

    Shen实验室主要研究方向是恒定pH分子动力学模拟技术的开发及其在生物、化工和医学等前沿领域的应用。目前,她在国际顶级刊物发表了56篇学术论文,其中包括1篇Nat. Commun., 3篇Proc. Natl. Acad. Sci. USA,3篇J. Am. Chem. Soc.以及4篇J. Phys. Chem. Lett.,为计算化学和计算生物物理领域做出了杰出贡献。此外,Jana Shen博士是两款国际上著名的分子动力学软件CHARMM和AMBER内部研发人员,主要贡献是先进模拟技术在软件中的实现。

    Shen博士的实验室主页:www.computchem.org

联系人:黄艳东,计算机工程学院