十几年来，学院引进高素质人才，购置先进的科研设备及中试生产装置，初步建立了一支学历结构层次高、专业知识结构合理、年龄结构理想、综合素质好的队伍。科研人员先后负责或参加了多项国家自然科学基金、国家科技部攻关、国家863、福建省科技计划、厦门市科技计划项目等的科学研究，取得一批具有较高学术价值、应用价值的科研成果。

学院拥有省内先进水平的水产品加工研究室、农产品加工研究室、食品发酵工程研究室及食品安全研究室和中试基地，实验室所有的仪器设备面向省内外同行学者开放，实现资源共享。

学院科研主要任务及发展方向，是以发展先进食品生物工程理论与技术为核心，围绕福建省食品行业出现的热点和难点问题，结合国际发展前沿，不断凝炼、提升研究方向和创新目标，持续不断地为社会提供海洋食品生物工程技术成果；以国家战略需求为目标，积极承担国家、部门和地方重大科研任务，发展我国食品科技；以解决企业技术难题、促进企业资助创新为导向，建设面向行业共性技术研发与测试平台，为食品行业及相关领域的发展提供信息和咨询服务；在食品发酵与酿造、食品酶工程应用技术开发等方面达到国内领先水平，将工程中心建设成为在国内具有竞争力的食品科学研究基地、食品科学与工程人才培养中心以及与港、澳、台和国际合作与交流的平台。

学院开展食品发酵上游工程—食品发酵微生物育种工程及食品发酵下游工程—食品发酵工艺与产物分离提取工程的研究，以海洋活性物质、食品加工及饲料中应用的酶、强化剂、添加剂等的发酵生产作为研究重点，结合已有的研究项目，在蜜柚脱苦酶、L-鸟氨酸、谷氨酰胺转胺酶、虾青素发酵法生产等项研究取得进展。此外，在水产品深加工、水产品加工下脚料的综合利用、食品保鲜、食品安全检测等方面开展研发工作，探索适合闽台地区农产品特点的生产技术研究。以食品生物技术为主导，面向福建省特色食品资源的食品应用基础与关键技术研究的特色与优势，建成为我市开展食品生物技术研究开发的技术平台及进行成果转化的基地和人才培养基地，建成完善的食品发酵工程理论与工程技术研究体系，可孵化食品发酵工业新技术、新产品，在食品安全、农产品加工与保鲜、功能性食品发酵生产工程、水产品加工等方面取得突破。与闽南金三角地区的生物科技企业紧密结合并作为食品发酵工程学科及食品发酵产业发展的中坚力量，带动和促进闽南金三角地区食品发酵产业的发展。

学院以市场为导向，积极与地方企业合作，积极为地方经济建设与发展服务，已与合作企业共创了可观的经济效益和社会效益。目前，在科研仪器设备对外开放、开展产品检测和培训服务、接受委托产品的开发、加工等方面开展工作，与厦门多家企业建立了良好的合作关系。常年开设HACCP、QS、食品检验工培训。为地方人才需求服务，培养高级应用型人才。开展农业推广硕士专业知识培训。