学院设置教学、科研与管理机构有：系、教研室、各类教学科研平台、学院管理机构以及工会、团委、学生会、学生自律会等群团组织。
系：食品科学与工程系、生物工程系、食品质量与安全系。
教研室：化学教研室。
教学科研平台：水产品深加工技术国家地方联合工程中心、海洋食品精深加工关键技术省部共建协同创新中心(集美大学共建基地)、国家红藻加工技术研发专业中心、国家级海洋食品加工与安全研究生实践教育示范基地、福建省食品微生物与酶工程重点实验室、福建省海洋功能食品工程技术研究中心、福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心、福建省生命科学基础教学示范中心、厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市食品科技研发检测中心、厦门市海洋功能食品重点实验室、食品与生物工程综合实验室。
管理机构：学院综合办公室、教学办公室、科研办公室、院团委
联系电话：
综合办公室： 6181487 传真 6180470
教学办公室： 6180638
科研办公室： 6181774
院 团 委： 6182950
